Zbiory o charakterze muzealnym w Raciborzu miały swój początek w dwudziestych lat XIX w. i są powiązane przede wszystkim z powstaniem w 1819 roku Gimnazjum Królewsko – Ewangelickiego.
Gromadzone były na tej uczelni przedmioty, które służyły głównie jako pomoce naukowe w pracy z młodzieżą. Zgromadzone przedmioty przechowywane były w działach naukowych między innymi: Dział Historii Naturalnej, Dział Numizmatyczny, Dział Sztuki i Starożytności, Dział Rysunków, Dział Matematyczno-Fizyczny, Dział Geograficzny, Dział Muzyczny, Dział Sztuki Pomnikowej.
Ze względu na brak odpowiednich pomieszczeń zbiory gimnazjalne nie mogły być udostępniane szerszej publiczności. Wśród nauczycieli gimnazjum powstał projekt utworzenia w Raciborzu Muzeum, który został również poparty przez władze miejskie. Przedsięwzięcie wspomógł Prowincjonalny Urząd do Spraw Opieki nad Zabytkami Kultury i Prehistorii. Na placówkę muzeum wybrono i udostepniono niszczejący XIV wieczny budynek pokościelny, który należał do zgromadzenia sióstr dominikanek. Znajduje sie tam między innymi okazała kaplica Świętego Ducha, gdzie spoczywają doczesne szczątki raciborskich Piastów. Jedynie prezbiterium zachowało swój pierwotny kształt – wraz z dwoma renesansowymi freskami: zesłanie Ducha Świętego oraz Salve Regina.
Przeprowadzone w roku 1981 prace archeologiczne przyniosły bogaty plon, gdyż odkryto miejsca pochówku 30 możnowładców, w tym ostatniego, zmarłego w 1521 roku ostatniego księcia raciborskiego z rodu Czeskich Przemyślidów – Walentyna. W jego grobie naukowcy odkryli złamany (najprawdopodobniej w czasie pogrzebowego rytuału) miecz. W miejscach pochówków znaleziono również pierścienie i naczynia. Po wykonaniu prac remontowo-adaptacyjnych część klasztoru została zagospodarowana przez muzeum i bibliotekę. Ekspozycje zostały umieszczone na piętrze pierwszym a oficjalne otwarcie nastapiło 4 grudnia 1927 r. Ze względu na małe pomieszczenie w stosunku do ilości eksponatów, których ciągle przybywało, muzeum zostało przeniesione w inne miejsce, a budynek został poddany kolejnemu remontowi. W trakcie prac, które miały miejsce w lata 1936 – 1938 odsłonięto freski pochodzące z pierwszej połowy XVII wieku.
Ponowne otwarcie Muzeum miało miejsce dnia 12 lutego 1938 roku. W budynku pokościelnym przedstawiono wystawy militariów, etnograficzną, sztuki średniowiecznej, miniatur oraz sztuki przemysłowej. Utworzono również wystawę pokazującą zespół zabytków egipskich.
W czasie trwania II wojny światowej większość zbiorów muzealnych i gimnazjalnych uległa zniszczeniu lub rozproszeniu. Jednak po zakończeniu działań wojennych rozpoczęto prace mające na celu ponowne udostępnienie zbiorów. Dnia 21 kwietnia 1948 roku otwarto Muzeum Miejskie w Raciborzu. Muzeum to eksponowało przede wszystkim wystawy związane z kulturą ludową ziemi raciborskiej, sztuką średniowieczną, rzemiosłem artystycznym i militariami. Urządzona została także wystawę prezentującą zabytki egipskie – mumię, kartonaż i 2 sarkofagi, podarowane w 1861 r. przez barona Anzelma von Rothschilda do Gimnazjum Królewsko-Ewangelickiego. Dnia 15 grudnia 1949 roku muzeum zostało upaństwowione.
W latach 1950 – 1953 muzeum przejęło zbiory zniszczonego podczas wojny Muzeum w Głubczycach około 1000 sztuk. Lata 1958-1960 były przełomem w rozwoju placówki, gdyż zatrudniono specjalistów w dziedzinie historii sztuki, etnografii i archeologii, którzy przyczynili się do prawidłowego funkcjonowania trzech podstawowych działów muzealnych: Działu Archeologii, Działu Etnografii, Działu Sztuki. Tylko Dział Historii nie posiadał do roku 1968 obsady personalnej.
Ekspresowe tempo wzrostu zasobów muzealnych stało się powodem do zaadaptowania na potrzeby ekspozycyjne i administracyjne budynku przy ul. Chopina 12, a w roku 1964 wybudowano budynek przy ul. Rzeźniczej 15. Ulokowano tam administrację, część magazynów oraz bibliotekę.
W latach 1976 – 1983 został przeprowadzony ponowny remont budynku ekspozycyjnego przy ul. Gimnazjalnej 1. Zmodernizowano i przebudowano wnętrze, a centralne wejście do muzeum przeniesiono do wieży. Za wyżej wymienione działania w 1984 roku muzeum oraz jego pracownicy otrzymali I nagrodę wojewódzką oraz wyróżnienie centralne w edycji Najciekawsze Wydarzenie Muzealne Roku.
W latach 1984 – 1994 został poddany remontowi również budynek przy ul. Chopina 12 i urządzono w nim 5 wystaw stałych, które są prezentowane do dnia dzisiejszego. Od roku 1990 muzeum stało się jednostką organizacyjną Gminy Racibórz. Na dzień dzisiejszy muzeum posiada cztery działy merytoryczne tzw. działalności podstawowej: Archeologii, Etnografii, Historii, Sztuki i Rzemiosła Artystycznego oraz działy pomocnicze: Oświatowy i Administracyjny, a także pracownie: fotograficzną i techniczną.
Zbiory Muzeum w Raciborzu szacuje się na około 30 tysięcy sztuk i zespołów zabytków z dziedziny: archeologii, historii, etnografii, sztuki i rzemiosła artystycznego. Najciekawsze z nich prezentowane są na wystawach.